As instituições de ensino superior gozam de autonomia científica, pedagógica, cultural e disciplinar.

• A autonomia científica consiste na capacidade de definir, programar e executar a investigação e demais atividades científicas.

• A autonomia pedagógica abrange a capacidade para elaborar os planos de estudos, definir o objeto das unidades curriculares, definir os métodos de ensino, afetar os recursos e escolher os processos de avaliação de conhecimentos.

• A autonomia cultural traduz-se na capacidade de definir o programa de formação e de iniciativas culturais.

• A autonomia disciplinar confere o poder de punir, nos termos da lei e dos estatutos, as infrações disciplinares praticadas por docentes, investigadores e demais funcionários, bem como estudantes.

Assim, enquadram-se no âmbito das referidas autonomias matérias como as condições específicas de ingresso nos ciclos de estudos, as condições de funcionamento dos ciclos de estudos, os planos de estudos, os regimes de precedências e de avaliação, o regime de prescrição, a creditação da formação, as normas de transição curricular, os prazos de emissão de documentação académica, as alterações de horários e de regimes de funcionamento ou os prazos de resposta aos requerimentos efetuados.